Підтримка Flatpak вбудована з MX 18 і пізніших версій. Потрібно лише активувати репозиторій Flathub, виконавши такі інструкції:
Відкрийте MX Package Installer (відкрийте меню та знайдіть у MX Tools), виберіть вкладку "Flatpaks", щоб активувати репозиторій, потрібно ввести пароль root.