NixOS

Instalar o Flatpak
Para instalar o Flatpak, defina a opção do NixOS services.flatpak.enable como true colocando o seguinte em seu /etc/nixos/configuration.nix:

services.flatpak.enable = true;

Então, recompile e alterne para a nova configuração com:

sudo nixos-rebuild switch

Para mais detalhes, veja a documentação do NixOS.
Adicione o repositório Flathub
O Flathub é o melhor lugar para obter aplicativos Flatpak. Para habilitá-lo, execute:

flatpak remote-add --if-not-exists flathub https://dl.flathub.org/repo/flathub.flatpakrepo
Reiniciar
Para concluir a configuração, reinicie seu sistema. Agora, tudo o que você precisa fazer é instalar os aplicativos!

Instalar o Flatpak