O suporte Flatpak é integrado a partir do MX 18 e posterior. É necessário apenas ativar o repositório Flathub seguindo estas instruções:
Abra o MX Package Installer (abra o menu e procure em MX Tools), selecione a aba "Flatpaks", para ativar o repositório você precisará digitar a senha root.
Para concluir a configuração, reinicie seu sistema. Agora, tudo o que você precisa fazer é instalar os aplicativos!